Kafijas automāta apkope ir atkarīga no tā, cik bieži tas tiek izmantots. Biežumu iedala šādi:

Ikdienas apkope:
Kafijas biezumu tvertnes tīrīšana (tās tilpums ir norādīts produkta tehniskajā aprakstā)
Tekņu skalošana
Piena sistēmas tīrīšana

Periodiskā apkope (reizi mēnesī/nedēļā):
Pagatavošanas bloka tīrīšana (izņemot JURA kafijas automātus)
Piena sistēmas tīrīšana ar antibakteriālu šķidrumu (to iespējams veikt arī biežāk)

Periodiskā apkope (reizi vai divas ik pēc 2 mēnešiem)
Kafijas atliekas vajadzētu notīrīt ik pēc 200 pagatavotām tasītēm
Atkaļķošanu vajadzētu veikt aptuveni pēc 50-60 litriem, ja netiek lietots ūdens filtrs